L'edizione 1998-1999 della Premier League maltese è stata l'ottantaquattresima edizione della massima serie del campionato maltese di calcio. Il titolo è stato vinto dal Valletta per la terza volta consecutiva.
Classifica
Verdetti finali
- Valletta Campione di Malta 1998-1999
- St. Patrick e Ħamrun Spartans retrocesse.
